教育督导机构进行综合督导和专项督导的一般工作程序是：
(一)确定督导项目，向被督导单位发出督导通知，并向社会或者有关部门公告;
(二)指导被督导单位自评，被督导单位在规定时间内上报自评报告;
(三)审核自评报告，确定督导重点;
(四)组织实施督导评估;
(五)向被督导单位反馈督导意见，并征求被督导单位的意见;
(六)向被督导单位下达督导意见书，监督指导被督导单位在规定期限内对存在的问题进行整改，必要时对整改情况进行回访或者复查;
(七)向同级人民政府和上级教育督导机构报告督导结果;
(八)将督导结果以督导公报或者其他形式向社会或者有关部门公布。
